《行政复议法》第63条第2款规定：“行政复议机关不得作出对申请人更为不利的变更决定，但是第三人提出相反请求的除外。”该条规定的禁止不利变更原则，旨在保障申请人的行政复议救济权；如果允许复议机关对申请人作出不利的变更决定，则会导致申请人不敢行使救济权，有悖立法目的。但是，无条件适用禁止不利变更原则，也可能导致对违法行政行为的不当维持。因此，有必要对禁止不利变更原则的适用作出限定。
第一， 禁止不利变更原则一般不适用于申请人与第三人均对行政行为提出异议的情形。比如被处罚人作为第三人参加行政复议时，仍可提出行政处罚过重等异议，一方面可以与申请人形成抗衡，防止其滥用复议申请权，另一方面更有利于对行政行为合法性的全面审查，以实质性化解行政争议。
第二， 禁止不利变更原则不适用于无效行政行为。《行政诉讼法》第75条规定：“行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。”无效的行政行为自始没有公定力，无适用禁止不利变更原则的必要。（编者注： 《行政复议法》第67条规定：“行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，申请人申请确认行政行为无效的，行政复议机关确认该行政行为无效。”《中华人民共和国行政复议法实施条例》第60条规定：“行政复议法第六十七条规定的重大且明显违法包括下列情形：（一）行政行为实施主体不具有行政主体资格；（二）增加义务或者减损权利的行政行为没有法律、法规、规章依据；（三）行政行为的内容客观上不可能实施；（四）其他重大且明显违法的情形。”）
第三， 行政行为被复议决定撤销后，行政机关重新作出行政行为时一般应适用禁止不利变更原则。但以下等情形例外：一是原行政行为适用法律错误；二是行政机关重新作出行政行为的事实基础与原行政行为不同。