行政许可补偿案件在合法、自愿前提下，可就补偿范围、补偿方式和补偿数额进行调解，调解达成协议的制作行政补偿调解书，与判决书具有同等法律效力。调解不成且补偿决定错误的，可判决予以补偿；补偿数额明显偏低的，可直接判决变更。
裁判规则
行政许可补偿案件的调解参照行政赔偿案件的规定办理：法院在当事人自愿的前提下，可以就补偿范围、补偿方式和补偿数额进行调解，达成协议的制作行政补偿调解书；调解书与判决书具有同等法律效力，当事人可在两年内以违反自愿原则或内容违法为由申请再审。
法律依据
- 《最高人民法院关于审理行政许可案件若干问题的规定》（法释〔2009〕20号）第十六条
- 《行政诉讼法》第六十条。
生活场景解读
政府因为公共利益撤回了你的经营许可证，你要求补偿。法院说：这种案子可以像赔偿案件那样坐下来谈——补多少、分几年付、用什么方式补，都可以商量。谈成了法院出一份调解书，跟判决书一样有效。
签完字又反悔，只能在两年内以"当时是被逼的"或者"协议内容违法"为由申请再审，不能直接不认账。