最高人民法院商业秘密民事司法解释第十四条确立了商业秘密侵权举证的基本框架：权利人主张被诉侵权人实施了侵犯商业秘密行为的，应当提供初步证据，合理表明其商业秘密被侵犯，并提供被诉侵权人使用的信息与其商业秘密相同或者实质性相同以及被诉侵权人有接触其商业秘密可能性的证据；被诉侵权人有渠道或者机会获取其商业秘密，且其使用的信息与该商业秘密实质上相同的，由被诉侵权人对其使用的信息来源合法或者不侵犯商业秘密承担举证责任。即“接触＋实质相同－合法来源”的推定规则：权利人证明接触可能性与实质相同后，合法来源的抗辩责任转移给被诉侵权人。
人民法院案例库入库案例（2023-13 系列·侵权行为编）明确：接触可能性的证明不要求直接证据，离职交接记录、项目参与记录、系统访问日志、保密协议签署记录等均可作为接触证据；实质相同的比对对象是权利人所主张的秘密点与侵权人使用的技术信息，而非整体技术方案的全部细节。指导性案例219号（2023-18 系列）进一步明确：技术秘密可以涵盖多个秘密点并整体主张保护，举证时须把秘密点逐一固定、逐一比对，混入公知技术会削弱推定效力。司法实践同时强调：权利人对“秘密点”的固定是举证的第一步，秘密点不明确或前后不一致的，推定规则无从适用。
先固定秘密点清单，逐点说明技术内容、形成时间、非公知性与保密措施；再收集接触证据：劳动合同与保密协议、项目分工与研发记录、系统与门禁访问日志、离职交接材料；同步收集使用证据：侵权人产品的技术方案、配方、源代码、工艺参数等比对样本；最后对每个秘密点做“接触可能性＋实质相同”的双线对应，形成举证矩阵
权利人承担初步证明责任：合理表明其商业秘密被侵犯。初步证据的门槛低于“确实充分”，法院据此判断是否将合法来源的举证责任转移给被诉侵权人。反不正当竞争法第三十九条进一步明确：商业秘密权利人提供初步证据合理表明商业秘密被侵犯，且提供以下证据之一的，被诉侵权人应当证明其不存在侵犯商业秘密的行为：有证据表明涉嫌侵权人有渠道或者机会获取商业秘密，且其使用的信息与该商业秘密实质上相同；商业秘密已被涉嫌侵权人披露、使用或者有被披露、使用的风险；有其他证据表明商业秘密被涉嫌侵权人侵犯。
人民法院案例库入库案例（2023-13 系列·侵权行为编）显示：初步证据达到“合理表明”程度即可转移举证责任，无须达到高度盖然性；法院在转移举证责任后，重点审查被诉侵权人的合法来源抗辩——是否通过合法受让、自主研发、反向工程、公开渠道获得。入库案例同时提示：被诉侵权人主张自主研发的，须提供研发立项、研发日志、阶段性成果、研发人员与时间节点等形成证据，仅有事后补记或笼统陈述的，不足以推翻推定。
在起诉或答辩阶段即按“初步证据清单”组织材料，做到一页一证、逐项对应要件；对接触与实质相同的证据先行公证或申请证据保全，防止灭失；预判被诉侵权人的抗辩路径（自主研发、合法受让、反向工程、公开渠道），提前准备反驳证据；对疑似自主研发抗辩，重点核查其研发时间线是否早于接触时点、研发成果与涉案秘密点是否实质对应
举证妨碍规则是商业秘密诉讼的重要平衡机制：被诉侵权人无正当理由拒不提供或者提供虚假、伪造证据，或者以其他方式妨碍权利人举证，导致商业秘密事实无法查明的，人民法院可以参照权利人提交的证据确定侵权事实。最高人民法院商业秘密民事司法解释第二十三条：被诉侵权人所使用的技术信息或者经营信息与其商业秘密相同或者实质性相同，且被诉侵权人拒不提供其信息合法来源的，人民法院可以推定其使用信息来源于权利人的商业秘密。
人民法院案例库入库案例（2023-13 系列·侵权行为编）明确：举证妨碍的认定不以故意为限，无正当理由不提交、拖延提交、提交不完整、删除或隐匿相关证据的，均可触发妨碍后果；妨碍后果直接体现为“推定不利于妨碍方的事实成立”。入库案例显示，侵权人拒绝提交其生产配方、工艺参数、源代码，导致无法比对的，法院直接以权利人证据认定构成侵权。司法实践同时提示：被诉侵权人申请证据保全范围内的材料时，应配合法院保全，避免因拒不提供被推定不利事实。
及时申请证据保全与调查取证，把“对方拒不提供”固定在案卷中；对拒不提交、删除数据、隐匿载体的行为，记录时间、方式与后果，作为妨碍证据提交；主动申请法院责令对方提交比对样本，明确不提交的法律后果；对被诉侵权人提交的证据，逐项核查真实性、完整性、形成时间，发现伪造或选择性提交的，即时指出
技术秘密案件中的鉴定主要包括两类：秘密性鉴定（涉案信息是否不为公众所知悉）与同一性鉴定（被诉信息与权利人的秘密点是否相同或实质相同）。鉴定意见属于证据种类之一，须经质证后由法院综合判断采信。刑民交叉案件中，刑事程序中的鉴定意见（如商业秘密鉴定报告）在民事程序中可以参照采信，但民事程序须独立审查鉴定对象、鉴定方法与鉴定结论的合法性。
人民法院案例库入库案例（2023-13 系列·侵权行为编）明确：刑民交叉案件中，刑事生效判决认定的鉴定意见与事实，在民事案件中具有较强证明力，法院可以直接采信，但当事人有相反证据足以推翻的除外；民事程序对鉴定意见独立审查，重点看鉴定对象是否为权利人的秘密点、比对样本是否与涉案技术实质对应、鉴定方法是否符合行业标准。入库案例同时提示：鉴定机构选择与鉴定材料固定同样重要——单方委托鉴定的，对方可对检材同一性提出异议，建议在诉讼中申请法院委托或双方共同确认检材。
在起诉前先做初步秘密性检索（公开文献、专利库、行业资料），评估鉴定必要性；申请鉴定时明确鉴定事项：秘密点范围、非公知性判断、同一性比对方法与标准；对检材进行公证封存或保全，固定检材同一性链条；对鉴定意见逐项质证：鉴定机构资质、鉴定人资格、检材来源、鉴定方法、结论逻辑，必要时申请鉴定人出庭或申请重新鉴定
电子数据是法定证据种类（民事诉讼法第六十六条）。技术秘密案件中，源代码、设计文档、实验数据、工艺参数等常以电子形式存在，电子证据的真实性、完整性、关联性须依法审查。源代码比对是软件类技术秘密案件的核心：比对对象是源代码所承载的技术信息（功能实现逻辑、算法流程、关键模块设计）是否实质相同，而非代码逐行雷同；通用代码、开源代码、第三方库代码须先剔除后再比对。
司法实践对源代码类案件形成“剔除公知、比对实质”的审查路径：先确定权利人秘密点对应的代码模块，剔除通用代码与开源代码，再比对核心功能实现逻辑与技术特征。人民法院案例库入库案例（2023-09 系列·权利基础编）明确：图纸、源代码作为商业秘密载体，权利人须从中提炼出具体、明确的技术信息主张保护，比对对象是载体所承载的技术信息是否实质相同，而非载体形式逐项雷同。电子证据的固定方式（公证取证、法院保全、时间戳、哈希值）直接影响证明力，未经固定或固定链条断裂的电子证据，法院可不予采信。
对源代码、设计文档实行版本管理与访问留痕，固定研发时间线与接触记录；比对前先做“剔除清单”：开源代码、第三方库、通用算法、行业惯例代码逐项列出，避免混入比对范围；电子证据取证优先采用公证、法院保全或可信时间戳，保存哈希值与取证过程记录；对实质相同的主张，按“模块—功能—技术特征”分层比对并委托鉴定，形成可复核的比对报告